由于舰中机体已经超出负荷，出击需要好一段时间，所以现在可以出战的就3部EVA机体而已，由于战斗一开始，这3部机体的气力都到达了120，大家只需要配合精神指令展开攻击，要击落它并不是难事，但是把使徒击落以后，它竟然一分为二，并将真嗣和明日香击退，这时就要靠其他隆巴纳队的成员了，大家最好派出一击毙杀型的机体，务求以最快的时间将敌人给收拾。
第二十九话
“真实系”?#092;い超闘士
胜利条件：敌全灭
失败条件：自军全灭
这话在游戏中说的上是最大的一个EVENT了，因为整话根本上就是一个EVENT，在这话之中，玩家的同伴就只有“龙星”和“雷”，他们原本打算和主角一同到研究所看看的，怎料在路上遇到了2部似曾相识的机体，而且这2部机体更向他们发动了攻击。
在战场中的敌人，除了身份神秘的“依路姆”以外，另一个人竟然是主角失散多时的女朋友.在这时重遇的二人，竟然连话也没有，有的只是一场另人痛心疾首的战斗，不过这场战斗是可以避免的，方法只有一个，就是要主角成功的说得女朋友。
要说得女朋友非常的简单，只要玩家能成功的向她攻击2次，之后就可以对她进行说得.然而在主角对其女朋友说得之后，她感到非常的痛楚，似乎在她的脑中发生了什么事情.而在这个时候，"依路姆"就会和女朋友离开.千万不要击落他们之中的任何一个人哦
“超级系”心に念じる、見えない刃
胜利条件：敌全灭
失败条件：自军全灭
由于R-1和R-2将会添加装备，轰格殊二式也将增加新的武器"计都瞬狱剑"，它们的驾驶员均需为他们的新武器进行联系工作，所以主角们就和SRX小队一起前往附近的小岛进行练习，正当主角和龙星和雷进行练习的时候，同样拥有T-LINK系统的晓击霸MK
II和EX竟然在主角的面前出现，而且其中一名驾驶员更是主角的恋人，实在另人百思而不得其解。
在这话中玩家可以控制主角向恋人进行说得，但是方法会有点困难，首先玩家要让R-1和R-2分别向晓击霸MK
II攻击一次，而主角更要向它攻击3次，这时才能向恋人进行说得，所以大家最好用最弱的武器向恋人进行攻击.之后恋人与依路姆就会撤退，千万不要攻击依路姆，更不能将恋人所驾驶的晓击霸MK
II击落！
第三十话
A路线 瞬間、心、かさねて
胜利条件：将第七使徒ISRAFEL甲乙在同回合内消灭
失败条件：真嗣或明日香任何一人被击落，EVA初号机或二号机的EN耗尽，不能将第七使徒ISRAFEL甲乙在同回合内消灭
镜头一转返回到了舰上，为了迎接第七使徒ISRAFEL回复后再次来袭，布拉度等人便召开进行了战斗会议，由于这使徒拥有分体和回复的能力，所以葛城会建议让两名驾驶员同时向两只使徒作出攻击，至于攻击使徒的任务就交给了之前落败的明日香和真嗣.但是在出战前5天他们需要一同生活以培育合拍度，在最初本来并不顺利，但经过一番的努力终于成功，于是他们两人就一起与使徒展开了战斗。
这一战由于是没有任何支援的，所以大家最好先将初号机和二号机的武器威力提升.说回战斗，此战条件十分的苛刻，玩家需要在同一个回合内，将2名使徒击落，所以强力的武器和精神指令绝对是这一话不可强欠缺的因素。
注：在同一个回合将2名使徒消灭以后，则 熟练度+1。
B路线 精霊憑依
胜利条件：将第七使徒ISRAFEL甲乙在同回合内消灭
失败条件：不能将第七使徒ISRAFEL甲乙在同回合内消灭，自军的任意一部机体被击落，母舰被击落
这话根本上是前面两话的一个延续，第七使徒的甲和乙两部分虽然被击落了，不过他们现在再次在众人的面前重生.而且明日香和真嗣的动作完全被破坏了，所以就要隆巴纳队的成员们来完成消灭使徒的任务了，而唯一的条件就是在同一个回合内将第七使徒的甲和乙两个部分消灭。
要完成这任务其实一点也不难，要的是攻击力强的机体.幸而，让玩家使用的机体也就是这个类型的，尤其是新三一万能侠，其破坏力可说是强中之?可是，在阵中有一部机体未开动，它就是CYBASTER，以前正树靠自己的能量开动CYBASTER，不过现在力量好象失去了似的，他根本无法开动机体。
当其他的队员成功的将使徒击落以后，敌人的援军就会出现.可是CYBASTER仍然无法开动，而正树的处境也相当的危险.忽然正树好象想通了什么似的，全身也充满了力量，他再次得到了开动CYBASTER的力量，战斗亦再次展开。
第三十一话
A路线 ブービー.トラップ
胜利条件：防卫Macross，敌全灭
失败条件：敌侵入Macross附近，Macross被击落，自军全灭
这是超时空要塞登场的一话，而战斗方面也非常的简单.由于出击的机体非常的多，而且大多数是攻击力非常强的机体，所以在取胜方面不是问题.而敌人方面，更只有在《Macross》之中最劣等的“空战机”而已。
这战的战斗目标是保护Macross的安全，所以不能让任何一部敌人的机体侵入Macross的范围.因此玩家应该将防御网散的开点，也就是说，将自军的机体尽量往外移动，扩大防御的范围.而且要利用强的攻击.务必要做到一击毙杀.然而敌人战机的HP只有2000，相信要做到这点是不困难的。
有一点要小心留意的，在第二回合敌人PHASE的之后，在右边会有5部敌机的出现，不要轻视这批敌人，如果大家一开始就一涌而上，向上放的敌人攻击，而在Macross身边又没有防卫的话，那就危险了！
B路线 奇跡の価値は
胜利条件：保护Macross，敌全灭
失败条件：Macross被击落，敌人侵入Macross四周，自军全灭
当隆巴纳队将第七使徒击落后，Macross突然收到新自护军统领基利的通信，他竟然要求在三个小时内将Macross交出来，否则就会发动强大的攻击，当然Macross舰长古力华不会答应基利的要求，于是基利开始了攻击.而且在攻击之余，利用奸计让Macross不能作出攻击和移动，于是隆巴纳队便以保护Macross而展开战斗。
这话的初期可以说是非常的艰苦，以为大家要利用3部EVA机体抵抗大约20名敌人，幸好在初期，敌人只有5部机体会作出移动，大家最好让EVA挡在那些会移动的敌人的前方，引诱他们向EVA作出攻击，以防止他们走进Macross的范围中，如果他们成功的进入就会立即GAME
OVER.虽然在第三第四回合，敌人的增援会不断的出现，但是自军的增援也会不断的增加，大家只要熬过3个回合，要取得胜利就会轻松的多。
第三十二话
A路线 カウント.ダウン
胜利条件：在9回合内确保Macross的安全， 敌全灭
失败条件：敌人侵入Macross的范围，Macross被击落，自军全灭
这是一话非常长的战斗，以为在这里要进行的是在TV版《超时空要塞》中，Macross升空的一幕，而敌人方面依然是祖拿达军，不过这次出现的战斗力便高的多了，不再像上一话中全是战机而已了。
在战斗初段，看似非常的平淡，因为只有左边的部队而已，不过当中也有一艘战舰，这战舰的HP高的惊人，足足有38200，和自军的战舰相比，HP有数倍之多呢！而一般的敌人方面，除了有祖拿达军中比较低级的"利加多"之外，也有小指挥官用的"古拉捷"，而"古拉捷"有着非常高的回避能力，大家要小心。
而这话之中，最重要的是Macross的升空.可惜，第一次失败了，而在第二次的升空将会在第九回合，而在这段时间内，玩家一定要保护Macross的安全，免其受到攻击，就在这时开始，敌人的增援开始出现，而且这些敌人是会不断出现的，只要一队增援之中的成员失去一定的数量，另一队就会出现。
成功的捱过9个回合后，Macross就会进行折叠飞行……。
B路线 スペース?フォールド
胜利条件：保护Macross，敌全灭，9回合内保护Macross
失败条件：Macross被击落，敌人侵入Macross四周，自军全灭
经历了连场激战，隆巴纳队终于成功将敌人击退.但是数量如此庞大的部队，也只是敌人的第一轮攻势而已，而且敌人的目标只是南亚达利亚岛上的Macross，所以古力华决定尽快启动Macross进入大气层，以避免无辜的市民卷入战火之中，至于隆巴纳队就担起了掩护工作，以避免敌人在这个时候向Macross作出攻击。
这一话的目的基本上和上一话相同，大家只需要集中所有的兵力保护Macross，但是在进入第四回合以后，就会发生Macro
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